Aðalfundur Miðaldastofu kýs þriggja manna stjórn varastjórn til tveggja ára. Á aðalfundi 18. febrúar 2021 voru eftirtaldir kjörnir:
Aðalstjórn 2021–2023
Aðalheiður Guðmundsdóttir, prófessor í íslenskum bókmenntum við Hugvísindadeild Háskóla Íslands, formaður
Þórir Jónsson Hraundal, lektor við Mála- og menningardeild á Hugvísindasviði Háskóla Íslands.
Viðar Pálsson, dósent í sagnfræði við Sagnfræði- og heimspekideild á Hugvísindasviði Háskóla Íslands.
Varamenn 2021–2023
Gunnar Harðarson, prófessor í heimspeki við Sagnfræði- og heimspekideild á Hugvísindasviði Háskóla Íslands
Hjalti Hugason, prófessor í kirkjusögu við Guðfræði- og trúarbragðadeild á Hugvísindasviði Háskóla Íslands
Svanhildur Óskarsdóttir, rannsóknaprófessor á handritasviði Stofnunar Árna Magnússonar í íslenskum fræðum